4. 대한민국의 건국과 기독교해방 이후 정부는 국기에 대한 최경례인 배례를 강요하였고, 이것은 일제강점기 신사참배를 상기시켰다. 개신교는 이것을 종교의 자유를 훼방하는 것이라고 생각하였다. 그래서 배례를 경례로 바꾸어 줄 것을 요청하였다. 결국 이승만 정부는 이것을 받아들여 국기에 대한 배례를 주목례로 개정하였다. 이것은 정교분리의 경계가 어디까지인가를 정하는 문제였다. 일본은 신사참배가 종교가 아니라고 주장했지만, 개신교는 이것을 받아들일 수가 없었다. 이것은 해방 이후에도 마찬가지였다.개신교가 또한 강조하는 것은 주일성수이다.