기독 교육기관의 많은 유익이 있지만 극복해야 할 문제들도 많은 것이 현실이다. 먼저는 기독 교육에 너무 치중하면 지식교육을 소홀히 할 수 있다.

바른 신앙인격과 지식을 함께 기르도록 균형잡힌 교육을 해야한다. 이와 같이 기독 교육기관의 한계를 지혜롭게 극복하는 것이 과제이다.